Pengajuan dibuka hanya sekali dalam setahun dengan mengikuti jadwal sebagaimana  berikut;
NO
TAHAPAN
BATAS WAKTU
1 Pengajuan proposal dari madrasah ke Kemenag Kab./Kot
2 Verifikasi dokumen proposal oleh Kementerian Agama Kab./Kot
3 Survey kelayakan Ijin Pendirian Madrasah oleh Tim Survey ke Lokasi
4 Pengajuan berkas proposal yang disetujui Kemenag Kabupaten  ke Kanwil Kemenag 
5 Proses verivikasi berkas, rapat pertimbangan dan persetujuan Ijop bagi yang layak sampai dengan diterbitkannya SK
6 Penerimaaan Siswa Baru bagi madrasah/RA yang ditetapkan dan mendapat SK Ijin Operasional dari Kanwil Kemenag

Teknis dan alur pengajuan Ijin pendirian secara singkat adalah sebagai berikut;
  1. Madrasah mengunduh form ecxell pengajuan online madrasah di laman:  ; direktori.madrasah.kemenag.go.id atau  bisa langsung diunduh di link ini.
  2. Form excel dimasukan CD/ Flashdisk lalu dikirim ke Kemenag Kab./Kot
  3. Pastikan proposal yang dikirim mengikuti format dan ketentuan yang telah ditentukan karena hanya format yang sesuai yang bisa diunggah di aplikasi onlen pendirian madrasah
  4. Proposal Pengajuan ijin pendirian yang memenuhi syarat/ketentuan akan disurvey lokasi oleh tim survey Kelayakan Kankemenag Kab./Kot
  5. Berdasarkan hasil survey maka yang memenuhi syarat akan dicetakan rekomendasi secara online dan selanjutnya berkas komplit bukti pendukung akan dikirim ke Kanwil Kemenag.
  6. Detail Teknis pengajuan Ijin pendirian madrasah secara on line bisa dilihat dalam video tutorial terlampir
Lain-lain:
  1. Bagi madrasah yang sebelum surat ini diedarkan telah mengajukan ijin pendirian madrasah secara tetapi  belum mendapatkan SK Ijin Pendirian dari Kanwil Kemenag Provinsi  maka pengajuannya dianggap batal/ tidak disetujui.  Jika yayasan ingin mengajukan kembali maka harus mengajukan berkas baru di tahun berikutrnya.
  2. Dokumen berkas pengajuan ijin operasional yang tidak memenuhi syarat dan/atau tidak disetujui oleh Kanwil Kemenag Provinsi  menjadi dokumen arsip Kementerian Agama